Édition du 10 Février 2014

Editorial

L’ontologie Orphanet des maladies rares vient d’être publiée

L’ontologie Orphanet des maladies rares, ORDO (pour Orphanet Rare Diseases Ontology) vient d’être publiée sur Bioportal, le site de l’EBI, et sur Orphadata.
Conjointement développée par l’équipe d’Orphanet de l’US14 de l’INSERM et par l’Institut européen de bioinformatique (EBI pour European Institute for Bioinformatics), l’Ontologie Orphanet des maladies rares fournit un vocabulaire structuré pour les maladies rares, montrant les relations entre les différentes maladies, les gènes et d’autres caractéristiques pertinentes. Elle fait suite à un travail de recherche mené sur la modélisation des données d’Orphanet par Ferdinand Dhombres de l’équipe de Jean Charlet (INSERM UMR S 1142).

En raison des avancées considérables de la technologie génomique au cours de ces dernières décennies, nous sommes maintenant confrontés à un accroissement de la complexité des données génétiques. Ceci s’accompagne d’une plus grande dispersion des données phénotypiques dans les bases de données cliniques. De plus, l’imbrication et la multiplicité des terminologies médicales et scientifiques ont créé un besoin d’outils de référence intégrant les données normalisées utilisables par les systèmes d’information et de recherche du domaine de la santé.
La base de données Orphanet est connue mondialement pour sa classification des maladies rares, complétée de données sur les gènes qui leur sont liés, sur les médicaments orphelins déjà sur le marché ou en développement, également enrichie de données épidémiologiques, de connexions avec d’autres terminologies (MeSH, SNOMED CT, UMLS) et avec des bases de données scientifiques (HGNC, OMIM, UniProt, Genatlas, Reactome, Ensembl, IUPHAR), ou avec des classifications (ICD10). Toutes ces données sont téléchargeables gratuitement sur une plateforme solide : OrphaData.
Le partenariat avec l’Institut européen de bioinformatique (Hinxton, Angleterre) a facilité la création d’un réseau consacré aux maladies rares, générant une ontologie systématique pour les maladies rares avec une modélisation robuste et consistante des données qui a permis de révéler leurs liens significatifs, ainsi que l’interopérabilité avec d’autres ressources utilisant des bases de données génétiques. Cette union fournit donc aux chercheurs et aux bioinformaticiens un outil de compréhension des associations entre ces différentes données dans un format standardisé qui est intégré à d’autres environnements informatiques.
L’ontologie officielle des maladies rares, produite par Orphanet (INSERM, US14) sera complétée et mise à jour tous les mois. Elle est accessible à tous sur BioPortal qui regroupe toutes les ontologies existantes.

Accéder à l'ontologie Orphanet des maladies rares :
via Bioportal
via Ontology Lookup Service

Nouveautés Orphanet

L'événement...

Politique de recherche et de santé

Nationale

L’Institut national du cancer publie deux nouveaux rapports concernant l’oncogénétique

L’Institut national du cancer (INCa) publie la synthèse de l’activité d’oncogénétique 2012 et la synthèse de l’activité des plateformes de génétique moléculaire des cancers en 2012.

Près de 5 % des cancers diagnostiqués en France sont liés à la présence d’altérations génétiques constitutionnelles et à ce jour, plus de 70 gènes de prédisposition génétique ont été identifiés. Le diagnostic de ces prédispositions, dont le développement est inscrit depuis 2003 au sein des deux Plans cancer successifs (2003-2007 et 2009-2013), est mis en œuvre dans le cadre du dispositif national d’oncogénétique. L’identification d’altérations génétiques au sein des cellules cancéreuses a permis la mise en évidence de nouveaux biomarqueurs moléculaires. Ces paramètres sont aujourd’hui indispensables pour le diagnostic, la classification, le choix et la surveillance du traitement d’un nombre croissant de cancers. L’analyse de ces biomarqueurs doit donc être accessible à tous les patients, quel que soit l’établissement de santé dans lequel ils sont pris en charge.
La synthèse nationale de l’activité d’oncogénétique 2012, élaborée à partir des données d’activité transmises par les consultations et les laboratoires, constitue un état des lieux détaillé de l’activité 2012 du dispositif d’oncogénétique et de son évolution depuis 2003, permettant d’en dégager les points forts et les axes d’amélioration.
L’objectif des actions portées par l’INCa, en association avec la Direction générale de l’offre de soins (DGOS), est en effet d’identifier l’ensemble des personnes présentant un risque héréditaire de cancer en France et de leur garantir ensuite une prise en charge personnalisée et multidisciplinaire sur tout le territoire. Pour ce faire, afin de favoriser l’accès des personnes concernées au dispositif d’oncogénétique, des documents destinés à l’ensemble des professionnels de santé intervenant ou pouvant intervenir dans l’identification, la prise en charge et la surveillance des personnes prédisposées héréditairement au cancer ont été élaborés par l’INCa et sont régulièrement mis à jour.
Lire le rapport

Le rapport d'activités des plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers en 2012 décrit leur mission, qui est de réaliser des tests moléculaires qui selon leur nature contribuent à :

aider et orienter le processus diagnostique en complémentarité avec les paramètres cliniques, morphologiques et biologiques ;

déterminer l’accès à une thérapie ciblée ;

orienter la stratégie de traitement du patient ;

permettre le suivi de la maladie résiduelle.

Les plateformes réalisent les tests moléculaires pour l’ensemble des patients de la région, quel que soit l’établissement où ils sont pris en charge : Centres hospitaliers universitaires (CHU), Centres de lutte contre le cancer (CLCC), Centres hospitaliers (CH) ou établissements privés. Il s’agit d’organiser un maillage territorial suffisant pour que les prélèvements tumoraux parvenant dans les laboratoires habituels d’anatomopathologie ou d’hématocytologie puissent être pris en charge rapidement dans une plateforme avec laquelle il existe des liens organisés.
Actuellement, les plateformes disposent d’un catalogue de 60 tests dont 11 permettant l’accès à des thérapies ciblées disposant d’une autorisation de mise sur le marché. En 2012, 171 500 patients ont bénéficié d’un test moléculaire contre 154 500 en 2011 (soit une augmentation de 11 %). Pour 62 500 de ces patients, ces tests ont été effectués dans le cadre de l’accès aux thérapies ciblées.
Lire le rapport

Premier ouvrage français sur les syndromes dysmorphiques

Toutes les équipes des centres de référence maladies rares "Anomalies du développement et syndromes malformatifs" ainsi que des équipes d’autres centres de référence/compétences ont participé à la rédaction de l’ouvrage « Syndromes dysmorphiques » coordonné par Didier Lacombe et Nicole Philip (éditeur scientifique, Pierre Cochat), premier ouvrage en langue française traitant de la « dysmorphologie » paru le 8 novembre 2013. Il met bien en évidence la nécessaire complémentarité entre pédiatres et généticiens médicaux dans la prise en charge des enfants atteints de ces syndromes rares.
Ce livre s'adresse à tous les pédiatres : pédiatres de ville confrontés à la difficile tâche de suivre des enfants atteints de maladies rares en relation avec les centres de référence, pédiatres hospitaliers habilités à en faire le diagnostic, aux médecins impliqués dans le diagnostic prénatal et la médecine fœtale, mais aussi aux médecins d'adultes prenant en charge des personnes handicapées atteintes de syndromes dysmorphiques.
Si le diagnostic des syndromes génétiques a bénéficié des extraordinaires progrès techniques permettant maintenant de séquencer l'ensemble des gènes, voire même le génome entier en quelques jours, l'expertise clinique du diagnostic reste essentielle.
Le premier chapitre est donc consacré à l’examen de l’enfant dysmorphique et décrit de manière très bien illustrée les aspects normaux et pathologiques par région anatomique (aspect général de la face, du crâne, du front…). Un autre chapitre expose l’apport des nouvelles technologies d’étude du génome en dysmorphologie. Les 21 autres chapitres décrivent, classés par organe et par spécialité, de nombreux syndromes dont certains sont connus depuis longtemps mais sont maintenant mieux définis par l’identification de leurs causes moléculaires, mais aussi d’autres syndromes décrits beaucoup plus récemment grâce à l’identification de leurs bases moléculaires.

Titre : Syndromes dysmorphiques
Auteurs : Didier Lacombe et Nicole Philip
Editeur : Doin Editions
Collection : Progrès en Pédiatrie
ISBN : 978-2-7040-1389-0

Européenne

Bioéthique et législation

Nouveaux syndromes

Nos gènes se dévoilent

La recherche, jour après jour

Recherche clinique

Cellules souches

Thérapeutique

Thérapie génique

Approches diagnostiques

Prise en charge et traitement

Recommandations pour la pratique

Gestion de données

Numéro spécial du Bulletin Epidémiologique Hebdomadaire sur l’apport des bases médico-administratives pour l’épidémiologie et la surveillance en France et au Québec

Il existe en France un certain nombre de bases de données médico-administratives (BMDA), parmi lesquelles le Programme de médicalisation des systèmes d’information (PMSI), et le Système national d’informations inter-régimes de l’assurance maladie (Sniiram). Le PMSI hospitalier, mis en place progressivement à partir des années 1990, a pour objectif de produire des informations à contenu médical sur les fonctions hospitalières et de permettre une allocation de ressources dépendant de l’activité hospitalière. Il enregistre toutes les hospitalisations, publiques et privées, en médecine, chirurgie, obstétrique, soins de suite et de réadaptation. Les données du Sniiram, créé par la loi en décembre 1998, incluent tous les régimes de l’assurance maladie : Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS), Mutualité Sociale Agricole (MSA), Régime Social des Indépendants (RSI) et les 16 autres régimes spéciaux, et concernent aussi bien la médecine de ville que les hospitalisations. Il couvre actuellement la quasi-totalité de la population vivant en France (plus de 65 millions de personnes). Au Québec, la surveillance repose sur le système intégré de surveillance des maladies chroniques du Québec (Sismacq), opéré par l’Institut national de santé publique du Québec, qui couvre 95 % de la population (environ 8 millions de personnes).
Les différents articles réunis dans ce numéro spécial du BEH montrent que ces BDMA (où les données sont recueillies initialement à des fins de gestion et de paiement des prestations médicales) peuvent être utilisées non seulement pour l’épidémiologie et la surveillance du diabète, des cancers, de l’ostéoporose, des maladies respiratoires chroniques, mais aussi pour éclairer les politiques de santé publique.
En France notamment, ces deux BDMA ont une couverture quasi exhaustive de la population. Elles utilisent un même numéro d’anonymat, irréversible, unique, et les données sont maintenant chaînées, ce qui permet un suivi longitudinal des patients. Actuellement le codage des malades dans les deux systèmes repose sur la version 10 de la Classification internationale des maladies (CIM 10). Le Plan national maladies rares 2011-2014 prévoyait d’inclure le codage Orphanet dans les BDMA : cette inclusion est en cours pour le PMSI depuis l’instruction DGOS (direction générale de l'offre de soins) de décembre 2012. Son inclusion dans le Sniiram serait une autre étape pour pouvoir appréhender au mieux les parcours des malades porteurs de maladies rares.
Les BDMA peuvent aussi être appariées avec d’autres bases, telles que les fichiers de données sociales et professionnelles. Il est donc également rappelé que « l’exhaustivité et la nature des informations contenues dans les BDMA leur donnent un caractère potentiellement identifiant vis-à-vis des citoyens », ce qui nécessite de respecter un certain nombre de principes, comme l’a défini le rapport paru récemment en France sur l’utilisation des données de santé.
Lire le numéro spécial du BEH
Lire le rapport sur l’utilisation des données de santé

Médicaments orphelins

Financer sa recherche

Appel à projets de recherche de la Ligue nationale contre le cancer : adolescents et cancer

La Ligue nationale contre le cancer souhaite poursuivre, en partenariat avec les centres E. Leclerc, son soutien à des projets de recherche concernant la prise en charge thérapeutique, psychologique et sociale des adolescents et jeunes adultes (12 à 25 ans) atteints de cancer.
Les axes de recherche de l’appel à projets concernent :

le recensement épidémiologique des cancers affectant les 12-25 ans,

l’adaptation des stratégies thérapeutiques aux 12-25 ans,

l’étude des facteurs de risque et des méthodes de prévention éducative spécifiques aux 12-25 ans,

l’élaboration de supports d’information et de programmes d’éducation thérapeutique à proposer aux 12-25 ans, en particulier dans le domaine de la préservation de la fertilité,

et l’évaluation des conséquences psycho-sociales du cancer chez les 12-25 ans pendant et après le traitement.

L’appel à projets s’adresse :

aux équipes d’oncologies pédiatrique et adulte des Centres hospitaliers universitaires, Centres de lutte contre le cancer, Hôpitaux généraux ou Registres des cancers souhaitant contribuer au développement d’une prise en charge spécifique de l’adolescent et du jeune adulte,

ainsi qu’aux équipes des Universités et organismes de recherche travaillant dans le domaine des Sciences humaines et sociales de la Santé publique souhaitant développer des projets de recherche en interaction avec les oncologues pédiatres et adultes sur le thème de la prise en charge spécifique des adolescents et jeunes adultes.

Une attention particulière sera portée aux approches pluridisciplinaires et éventuellement multicentriques appliquées aux axes de recherche proposés dans cet appel à projets ainsi qu’aux projets s’appuyant sur les « Espaces Jeunes », réservés aux 12-25 ans, créés dans les établissements de soins.
Les subventions demandées peuvent concerner des frais de fonctionnement (coût des enquêtes et de leur informatisation, etc.) ou des frais de personnel temporaire (attachés de Recherche Clinique, statisticiens, etc.). Ces frais seront engagés et gérés par l’institution recevant la subvention.
La date limite de la lettre d’intention est fixée au
28 février 2014.
Pour en savoir plus
Télécharger le Formulaire pour la lettre d’intention

Appel d’offres 2014 de la Fondation de France : recherche clinique et fondamentale sur l’autisme

Il y a plus de dix ans, la Fondation de France choisissait de soutenir les recherches sur l’autisme, car la France accusait alors un grand retard dans ce domaine. Cette pathologie intéresse tous les spécialistes impliqués dans le développement précoce de l’individu et se situe à la croisée de différentes disciplines. En 2014, la Fondation de France continue à soutenir des projets de recherche pluriannuels relatifs à l’autisme à tout âge de la vie.
Les demandes doivent impérativement faire état d’un projet collaboratif associant cliniciens et chercheurs de disciplines différentes :

pédopsychiatrie, psychiatrie, psychologie ;

pédiatrie, périnatalogie, neuropédiatrie ;

sciences cognitives et sciences du langage ;

épidémiologie, sciences humaines et sociales ;

génétique ;

imagerie.

La Fondation de France apporte son soutien aux projets proposant des innovations en terme de :

promotion des outils et des méthodes de diagnostic en particulier à l’âge adulte ;

études longitudinales portant sur l’évolution à long terme ;

stratégies de repérage et de dépistage ;

recherches sur les mécanismes physiopathologiques, psychopathologiques et développementaux de l’autisme ;

organisation de rencontres entre spécialistes des différentes disciplines concernées en France, ou de réseaux de coordination structurés autour de la recherche biologique, clinique ou épidémiologique.

Les projets doivent se référer aux classifications internationales en vigueur et, si nécessaire, à l’utilisation des référentiels recommandés par la Haute autorité de santé.
Une attention particulière sera portée aux projets multicentriques évaluant les thérapeutiques et les stratégies de prise en charge.
La date limite de dépôt des dossiers d’intention est fixée au 13 mars 2014.
Pour en savoir plus et télécharger le dossier de demande de subvention

Partenariats, offres d'emploi

Appel à participation au projet PARME (Participation des associations à la recherche médicale)

Dans la continuité du projet Leukotreat (FP7), une chercheuse de l’école doctorale ED 262 Paris Descartes réalise actuellement une thèse pour évaluer les enjeux éthiques de la participation des associations de patients dans le processus de la recherche.
Quatre questionnaires à destination des patients, des présidents d’associations de patients dans les maladies rares, des investigateurs et des promoteurs de la recherche ont été réalisés. Ces questionnaires s’articulent autour de thèmes communs : le financement de la recherche, les bases de données/cohortes/registres à visée de soin et de recherche, la participation des patients, les essais cliniques et l’information durant la recherche.
Les résultats et l’analyse des questionnaires seront croisés afin de déterminer concrètement l’impact et le rôle des associations de patients dans l’amélioration des processus de recherche. Ce travail de recherche en éthique permettra de mieux comprendre les attentes des différents acteurs de la recherche biomédicale mais également d’identifier les freins qui peuvent exister.
Ce projet a bénéficié du soutien de l’Alliance Maladies Rares pour le volet associatif. Aujourd’hui, c’est au vu de votre engagement comme investigateur, membre d’un centre de référence ou comme promoteur de la recherche dans le domaine des maladies rares que nous vous contactons.
Vous recevrez par mail le questionnaire auquel vous pourrez répondre directement en ligne. Vos réponses seront totalement anonymes.
Votre participation sera très précieuse pour faire aboutir ce projet. Si vous souhaitez plus de renseignements, vous pouvez nous contacter à l’adresse suivante : Projet PARME (Participation des associations à la recherche médicale) parme2014@gmail.com.
Nous vous remercions d’avance de votre collaboration.
Anne-Sophie Lapointe
Dr Grégoire Moutel

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Enrichissement de l’information sur les cancers : collaboration entre Orphanet et START

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7e Journée Internationale des Maladies Rares

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Nationale

La conférence de Marthe Gautier sur la découverte de la trisomie 21 annulée aux 7es assises de Génétique humaine en raison d'une action de la Fondation Jérôme Lejeune

L’Institut national du cancer publie deux nouveaux rapports concernant l’oncogénétique

Premier ouvrage français sur les syndromes dysmorphiques

Premier bilan du Réseau de Référence en Pathologie des Sarcomes (RRePS)

Un nouveau protocole national de diagnostic et de soins (PNDS)

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Un nouveau groupe d'experts sur les maladies rares remplace l’EUCERD

Bioéthique et législation

Découvertes fortuites de la recherche génétique chez l’enfant : points de vue de parents d'enfants atteints de maladies rares

Nouveaux syndromes

Onze nouveaux syndromes

Nos gènes se dévoilent

Nouveaux gènes présentés dans OrphaNews Europe

La recherche, jour après jour

Recherche clinique

Syndrome de Marfan : lors d'un essai comparatif randomisé, le losartan a réduit la dilatation aortique mesurée à la racine chez l'adulte

Sclérose tubéreuse de Bourneville : le traitement par évérolimus pourrait être une option thérapeutique pour l’épilepsie réfractaire de ces patients

Carcinome rénal à cellules claires : résultats peu encourageants d'un traitement par axitinib ou par tivozanib (versus sorafenib)

Tumeur stromale gastro-intestinale réfractaire et non résécable : des résultats mitigés avec la reprise d’imatinib après échec de l'association imatinib et sunatinib

Maladie aiguë du greffon contre l'hôte : une stratégie de prévention par l’administration d’atorvastatine au donneur compatible de la fratrie et au receveur semble être efficace

Sclérose systémique cutanée diffuse : bénéfice clinique d’un traitement prophylactique par sérum caprin hyperimmun (AIMSPRO) lors d’un essai de phase II

Méningite bactérienne sévère : l’hypothermie modérée n’a pas amélioré les résultats et semble même être nuisible

Hypercholestérolémie familiale homozygote : réduction significative du cholestérol LDL après administration d'un anticorps monoclonal anti-PCSK9

Drépanocytose : aperçu des essais cliniques portant sur la vaso-occlusion

Trisomie 21 : des analyses de mutation pour GATA-1 devraient être réalisées chez tous les nouveau-nés pour identifier les nourrissons à risque de leucémie

Maladie de Fabry : le traitement par l’agalsidase bêta pendant deux ans ou plus semble améliorer ou stabiliser la masse ventriculaire gauche chez les hommes

Le traitement par éteplirsen est prometteur pour les patients atteints de dystrophie musculaire de Duchenne dans une étude de phase 2b

Adénocarcinomes gastriques ou de la jonction gastro-oesophagienne : étude du ramucirumab, premier traitement biologique administré en monothérapie

Maladie de Creutzfeldt-Jakob sporadique : un traitement par quinacrine n'améliore pas la survie

Drépanocytose : thérapie par sulfate de magnésium pour les épisodes veino-occlusifs tolérée mais sans effet sur la durée d’hospitalisation, la douleur ou l’usage d’analgésiques

Maladie rénale protéinurique B7-1 positive : l’abatacept induit une rémission partielle ou complète

Déficit primaire en CD59 : thérapie ciblée avec l’éculizumab chez un patient

Déficit en mévalonate kinase : une prise hebdomadaire per os d’alendronate a résolu les anomalies cliniques et biologiques chez un patient

L’administration de la protéine de fusion recombinante du factor IX Fc abaisse le taux annuel de saignement chez les patients avec hémophilie B

Cellules souches

Nouvelles utilisations précliniques des cellules souches

Thérapeutique

Nouvelles pistes thérapeutiques

Thérapie génique

Essais précliniques

Approches diagnostiques

Nouvelles approches

Prise en charge et traitement

Glioblastome et autres gliomes malins : une revue clinique

Cancer néonatal : une revue

Cholangiocarcinome : une revue sur la pathogénèse, le diagnostic et la prise en charge

Neuropathies avec vascularite : une revue

Maladie de Hirschsprung : une étude prospective observationnelle des anomalies associées à la maladie

Sténose œsophagienne congénitale : caractéristiques et prise en charge

Phénylcétonurie : nécessité d’un standard de soins minimal : le point de vue des patients

Cholangite sclérosante primitive : un risque de développement de carcinome colorectal à un stade précoce justifie une surveillance dès le diagnostic

Maladie de Charcot-Marie-Tooth : revue sur les implications cliniques des avancées génétiques

Achalasie : revue sur les options thérapeutiques et la prise en charge sur le long terme

Polyendocrinopathie auto-immune : une revue

Abêtalipoprotéinémie et hypobêtalipoprotéinémie homozygote : un plan pour le diagnostic et la prise en charge

Hyperplasie congénitale des surrénales : discussion sur le diagnostic et le traitement chez les enfants

Troubles hémorragiques rare chez l’enfant : identification et prise en charge des soins primaires

Thrombasthénie de Glanzmann : revue sur les nouvelles options thérapeutiques

Cirrhose biliaire primitive : revue sur les traitements

Canakinumab dans les maladies rhumatismales autoimmunes et autoinflammatoires

Rétinite pigmentaire : revue sur les options thérapeutiques

Sclérose tubéreuse de Bourneville : une revue sur la prise en charge pharmacologique des astrocytomes sous-épendymaires à cellules géantes

Echinococcose alvéolaire : revue sur l’évaluation des stratégies thérapeutiques

Progeria : rôle du lonafarnib, un inhibiteur de la protéine farnésyltransférase, dans le traitement

Anévrisme familial de l'aorte thoracique et dissection aortique chez des femmes enceintes porteuses de mutations sur le gène ACTA2

Syndrome de délétion 22q11.2 : repérer et traiter l'hypocalcémie néonatale pourrait réduire le risque de déficience intellectuelle sévère

Traitement des lymphomes thyroïdiens primitifs de stade localisé

Leucémie à trycholeucocytes : actualités moléculaires et thérapeutiques

Mésothéliomes malins pleuraux : le point en 2013

Recommandations pour la pratique

Consensus d’experts par une méthode Delphi pour le cathétérisme cardiaque droit lors d’une suspicion d’hypertension artérielle pulmonaire dans la sclérodermie systémique

7^e Journée Internationale des Maladies Rares

La conférence de Marthe Gautier sur la découverte de la trisomie 21 annulée aux 7^es assises de Génétique humaine en raison d'une action de la Fondation Jérôme Lejeune

2nd International Congress on Research of Rare Diseases - RE(ACT)²⁰¹⁴